Stejně jako náš běžný modřín opadavý ( Larix decidua ) je i japonský modřín typický tím, jak už na dálku září svěží světlou zelení. Dorůstá výšky 45 m. Jeho jemné jehličky bývají vkusně doplněny drobnými šištičkami, které jsou zpočátku jasně karmínové. V Japonsku je oblíbenou dřevinou pro pěstování v bonsai .